О его частной жизни известно немного. Родился в богатой семье в Марселе, окончил художественную школу в Париже. Является отцом старшего сына французской актрисы Кароль Буке. Его младший ребенок, дочь Оливия Джакобетти — знаменитый парфюмер, создавшая ароматы для нишевых парфюмерных брендов Diptyque и L’Artisan Parfumeur, а также несколько бестселлеров для таких марок, как Hermès и Guerlain. Знаменитое издательство Phaidon включило Франсиса Джакобетти в список сорока выдающихся фотографов всех времен. Его работы входят в постоянную экспозицию современного искусства в Лувре. Он даже не надеялся на такое признание, когда восемнадцатилетним юношей заступил на должность консультанта по цвету в женском журнале Marie Claire. В 1960-е годы снимал «ню» для Playboy, в 1970-е — для легендарного календаря Pirelli. В 1975 году стал режиссером второй части знаменитой эротической картины «Эммануэль». Не признавая ретушь, предпочитал игру света и тени, создавая геометрические узоры на обнаженной натуре, и говорил, что работать с моделями — это «как будто выращивать цветы».

Параллельно с журнальной деятельностью Франсис Джакобетти путешествовал по миру, чтобы создать галерею портретов людей, ставших символом эпохи. «С ранних лет я страстно желал встреч с героями, — рассказывал Джакобетти. — Занятие фотографией открыло мне двери в дома людей, попасть к которым очень непросто: светил мировой науки, великих артистов, художников. Но если бы я стал, как сотни фотографов, предлагать им сделать обычный портрет, то ничего бы не добился. Золотым ключиком оказалась короткая фраза: «Я сниму только ваши глаза, а для контраста — лицо и руки». Коллекции потрясающих черно-белых портретов Габриэля Гарсиа Маркеса, Жака Кусто, Майи Плисецкой, Федерико Феллини, Мстислава Ростроповича, Лучано Паваротти дополнены удивительным полноцветным снимком их глаз. Свою концепцию Джакобетти объяснял так: «Один известный астрофизик считал, что глаз был создан по образу и подобию солнца. Фотопантеон глаз людей, которые принесли свою искру света на нашу планету, — это гимн моего скромного ремесла тем, кто своим творчеством помогает человечеству жить, мечтать, двигаться вперед. Глаза великого человека — всегда реликвия. Маленький кружок радужной оболочки целиком отражает сущность человека».

Используя портреты как способ разгадки физических и метафизических тайн, которые определяют человеческое существование, Джакобетти открыл для себя неиссякаемый источник вдохновения в личности Фрэнсиса Бэкона. Английский художник, экзистенциалист живописи прославился сериями искаженных образов, наполненных болью, мучениями, несчастьем. Зрителю, видевшему его картины, логично подозревать в нем угрюмого невротика, с которым сложно подружиться, но Джакобетти это удалось — весь последний год жизни Бэкона они работали над общим проектом. Мастер триптихов однажды признался, что хотел бы снять киноленту, в которой присутствовали бы все персонажи его холстов. Джакобетти предложил версию реализации его мечты — сделать фотопортреты и фототриптихи, действующим лицом которых станет сам Бэкон. Так с 1991 по 1992 год появился цикл мощных визуальных образов с аллюзиями на полотна художника. Очарованный Бэконом фотограф взял у мрачного гения длинное интервью и впоследствии вспоминал: «Я фотографировал всех — Пикассо, Далай-ламу, Иегуди Менухина, Эйнштейна. Но я никогда не видел никого умнее».

Самый выдающийся проект Франсиса Джакобетти в жанре модной съемки был создан в 1990-е годы для японского модного дома Issey Miyake. Запечатлев моделей в движениях, напоминающих пластику современного танца, фотограф объяснил: «Творения Иссей Мияке похожи на ритмические композиции. Легкие плиссированные вещи будто бы танцуют на теле женщины».